学部・研究科等ごとの目的
本研究科の目的は、これまでの物理学・化学・生物学をさらに融合し、人類社会の諸問題に対し自然科学の立場から合理的な解決策を思考できる人材を育成し、人類の永続的発展のために寄与することを目的とする。
各専攻の目的は次のとおりとする。
(1) 物質システム科学専攻
実験科学と計算科学に基づき、電子・原子・分子レベルの視点から生命系を含めたナノシステムの解明をするとともに環境・エネルギー問題を科学的に捉える教育を行い、人類の永続的発展のために寄与できる人材を育成すること。
(2) 生命環境システム科学専攻
生命の基本設計図であるゲノムの科学を基盤とし、多様な環境に生きる動物・植物・微生物の生体分子の構造と機能を解明・教育することにより、食料・健康・環境などの諸課題の解決に貢献できる人材を育成すること。
入学者受入方針（アドミッション・ポリシー）
生命ナノシステム科学の理念を理解し、自然システムを物質を基盤とした立場から専門的に深く追求する人材を求める。また、得られた研究成果を積極的に社会に展開することも期待する。さらに、広く世界に活躍の場を求める意欲のある人材を受け入れる。
教育課程編成・実施方針（カリキュラム・ポリシー）
生命システムの機能を物質に働く法則と原理に基づく合理的な理解を基に解明することを目的とした、新しい統合生命科学を教育を行うカリキュラム編成とする。そのために、ゲノム科学、タンパク質科学、構造生物学、計算機科学、物質科学を基盤とした教育を行い、複雑な自然システムの探索を単なる現象論に止めるのではなく、論理的に解明できる能力を養う教育を行うカリキュラム編成とする。
○物質システム科学専攻
・生命現象に代表される自然科学をナノスケールシステムとして捉え、これらを実験科学および計算科学に基づき電子・原子・分子レベルから理解させるため、「量子表面科学」「ナノ物質科学」「光物質科学」「物質計測科学」「有機物質科学」「計算物質科学」「集積情報科学」「知覚情報科学」の8つの部門を置き、教育・研究を行う。
・高い社会性と国際性を持つ研究者を育成するため、実験科学や計算科学の産業界への展開・応用も視野に入れ、積極的に産学連携を見据えた教育・研究を行う。
○生命環境システム科学専攻
・生物のもつ多様な生命維持システムを階層的に学び、システムとして統合することを指向する科目を配置する。
・最先端科学研究に接し、みずからも企画・適用することで、多角的視野を養うための科目を配置する。
・国際的にも質の高い研究論文・著書を数多く読みこなし、世界の研究の進展を把握し、研究者としてグローバルに活躍できる資質を養うことができるカリキュラム構成とする。
・企業・外国からの研究者等の広範な分野からの講師により、研究成果を知財・起業・産学連携、共同研究に展開できる実践的教育を行うとともに、外部最先端研究を行う研究所と連携し、最新技術を身につけるカリキュラムを編成する。
学位授与方針（ディプロマ・ポリシー）
生命システムの合理的解釈と理解を見据えて、これまでの物理学・化学・生物学をさらに融合することにより、人類社会の諸問題に対し、自然科学の立場から合理的な解決策を与え、人類の永続的発展のために寄与できる人材を養成することを目指す。
○物質システム科学専攻
<知識・理解>
ナノシステムの計測原理および新規概念で技術的イノベーションにつながる発見および基礎原理を理解できている。 <汎用的技能>
実験科学や計算科学の両方をバランスよく実践した研究手法を習得し、学術的だけでな社会的ニーズを見据えた技能を身につけている。
<研究能力と創造的思考力>
実験科学と計算科学の両方を駆使できる自立的研究ができている。変遷する現代社会において、国際的歴史観を備え、柔軟な発想と創造的思考を有している。
○生命環境システム科学専攻
<知識・理解>
生命の設計図であるゲノムに立脚し、設計図に基づいて生合成された生体物質の構造と機能をより深く理解する能力を身につけている。
<汎用的技能>
最新の知識や解析手法を資源生物学や海洋生物研究、ケミカルバイオロジー、生物工学など幅広く融合的な生命科学分野に展開する技能を身につけている。
<研究能力と創造的思考力>
ミクロからマクロ現象を物質のシステムとしてとらえるシステムズバイオロジーの分野を開拓する国際的にも通用する優れた研究人となっている。また、身に付けた知識・技術をアカデミックな活動に止まらず、社会に展開できる指導的人材、企業の研究職や自らベンチャー起業できる人材となっている。