基礎生物学専攻では、生物の特徴である共通性と多様性について、普遍的な仕組みとそれを維持する機構、および多様さを生み出す変化の仕組みについて調べている。より基本的で重要な問題を発掘し、その解決に挑む研究者の養成を行う。
学部・研究科等ごとの目的
基礎生物学に係る専攻分野について、研究者として自立して研究活動を行うために必要な高度の研究能力及びその基礎となる豊かな学識を養うことを目的とする。
入学者受入方針（アドミッション・ポリシー）
【求める学生像】
生物が示す現象に興味を持ち、現象を生み出す仕組みや要因を探ることに意欲を持つ学生。
【入学者選抜の基本的な考え方】
提出書類および基礎生物学専攻の教員による面接によって、学習に対する意欲と能力を確認する。５年一貫制の入学者については、加えて、小論文と英語の筆記試験によって、論理的な思考を展開して発表する能力と英語の基本的な読み書きの能力を確認する。
教育課程編成・実施方針（カリキュラム・ポリシー）
基礎生物学専攻では、研究者として主体的に研究を遂行する能力を身につけることができるよう、次のようなカリキュラムを編成・実施している。このカリキュラムへの大学院生の取り組みに対し、面談、提出レポート等により学修成果を評価し、それに基づき研究指導を受けたことを認定している。
1. 基礎生物学専攻専門科目、生命科学研究科共通専門科目の講義科目を履修することにより、各専門分野における体系的知識、基礎生物学全般における幅広い学識を身につける。
2. 自らテーマを決めて研究計画を立案し、研究遂行、考察、論文作成にいたる過程を主体的に行うことを通して、実践的な研究能力を修得する。
3. 研究室・研究グループ内での議論や、専門分野の異なる教員から助言をうける機会を活用し、多角的な視点をもって研究を進める態度を身につける。
4. 英語によるプレゼンテーションや論文作成にかかわる実践的な授業科目に加え、専攻内や他専攻と合同での研究発表の機会を通して、研究成果を効果的に伝える能力を養う。
5. 総研大や基礎生物学研究所で開催される各種セミナーや国際シンポジウム等に参加することにより、最先端の知識を得るとともに、研究活動に必要なコミュニケーションの実際を学ぶ。
6. 総研大や基礎生物学研究所から提供される海外での研究活動や発表をサポートするプログラムを活用し、国際的に活躍できる能力を身につける。
学位授与方針（ディプロマ・ポリシー）
基礎生物学専攻では、学位認定に際して、研究者として主体的な研究を遂行するために必要な次のような能力を評価している。
1. 専門分野において、体系的、かつ最先端の知識を有するとともに、基礎生物学の全体像を俯瞰できる学識を備えている。
2. 研究分野の将来を展望し、未解決で重要な問題を自ら発掘することができる。
3. 独創的、かつ実現可能な研究計画を立案する能力と、それを遂行していくために必要な技術力や分析力を備えている。
4. 高度なコミュニケーション能力を有し、得られた研究成果を国内外に発信し、基礎生物学の発展に寄与することができる。