学部・研究科等ごとの目的
本学創設の理念及び目的に基づき、学融合により従来の学問分野の枠を越えた国際的な学術研究の推進及び学際的で先導的な学問分野の開拓を行い、国際的に通用する高度な専門性と広い視野を備えた人材の育成を目的とする。
入学者受入方針（アドミッション・ポリシー）
【生命共生体進化学専攻】
（求める学生像）
・ 分子から生態系にいたる生物現象を、広く深く探究する意欲のある人
・ 科学およびその社会との関係を、広く深く探究する意欲のある人
・ 専門の狭い領域にとどまらない幅広い関心と国際的視野をもつ人
【入学者選抜の基本的な考え方 】
出願書類及び面接により、出願者の学問に対する熱意、意欲、基礎学力、表現力、論理性、英語力、研究者としての適性等の点を評価し、採点する。
教育課程編成・実施方針（カリキュラム・ポリシー）
【生命共生体進化学専攻】
学生は、本専攻で博士の学位を取得するにふさわしい能力を身につけるため、以下のカリキュラムに従って教育を受ける。
・専攻のカリキュラムは、総合・国際教育科目群、基礎教育科目群、専門教育科目群、および先導科学考究、先導科学プログレス、先導科学特別研究からなる。全学に開かれた特別教育プログラムの科目は、専攻のカリキュラムを補完するものとして位置づける。
・総合・国際教育科目群と基礎教育科目群は、広い視野とコミュニケーション能力を身につけることを目的とする。必修3科目のうち「フレッシュマンコース」では研究を始めるに当たっての心構えを、「科学技術と社会」と「先導科学実習」では、科学研究についての見方を広い視点で学ぶ。
・専門科目群には専門性の高い科目を置き、高い専門性を身につけることを主目的とする。加えて広い視野を涵養するため、学生は複数の分野から5科目以上を選択して履修する。
・先導科学考究、プログレス、特別研究は、自立的に研究を行うのに必要な基礎的能力を身につけることを主目的する。最終的には専門分野の学術雑誌などに主著者として論文を発表、発表した論文をもとに学位論文を執筆する。 この一環として、国内外の学会などに参加し、発表と討論の技術を実地で学ぶ。
学位論文提出の条件として課す副論文は、科学研究についての広い視野と、科学の社会における役割を俯瞰的に考察できる能力を身につけることを目的とする。副論文の執筆にあたり、生物学分野の学生は、科学と社会分野の教員から、科学と社会分野の学生は、生物学分野の教員から指導を受ける。
講義・実習科目は各担当者がレポート等によって評価する。特別研究等、その他の科目は専攻委員会での議論をへて、合議で評価する。
学位授与方針（ディプロマ・ポリシー）
【生命共生体進化学専攻】
本専攻で博士の学位を取得する人は、以下の能力をつけているものとする。
・進化を軸とした生物学分野、科学と社会分野のいずれかまたは両方で、卓越した研究を自立的に行うために必要な能力
・国際的な舞台で発表・議論できる、高い専門能力およびコミュニケーション能力
・科学研究について広い視野をもち、とくに科学の社会における役割について俯瞰的に考察できる能力