学部・研究科等の特色等
本学部は「水圏生物資源の持続的生産と総合的な利用，および環境の保全を目指した体系的な水産科学教育により，人類社会の繁栄へ貢献すること」を理念としています。
本学部に入学した学生は，最初の1年間で全学教育科目を札幌キャンパスで学びます。1年後期が終了したときに，学生の希望と札幌キャンパスにおける成績を加味して，4つの学科，海洋生物科学科，海洋資源科学科，増殖生命科学科，資源機能化学科のいずれかに配属されます。2年目は札幌キャンパスで基礎的な専門科目を学びます。3年目の春には，札幌キャンパスから函館キャンパスに移行して，より専門的な科目や実験・演習を学びます。それぞれの学科で，所定の単位を修得した学生は，学士(水産学)の学位を得ることができます。
学科ごとの目的は次のとおりです。
海洋生物科学科
海洋生態系を構成するプランクトン，ベントス，魚類，頭足類，鳥類，哺乳類等の多種多様な生物の形態，分類，生態，行動，生活史，進化ならびにその生産を支える海洋環境等に関する基礎的事項を体系的に教授し，水産資源とその環境の管理・保全・持続的活用に関する基礎知識と広い視野からの課題解決能力を備えた人材を養成します。
海洋資源科学科
生物，物理，社会科学を基礎とし，海洋生物資源の総合的・持続的利用を目指し，生物資源と海洋環境の調査・計測，情報解析ならびに生産システムの構築に関する総合的教育と研究を行います。また，これらの知識と技術を基盤として，国際協力，産業振興，資源保護の立場から，国内外における水産資源の管理，生産，利用にわたる広範囲な総合的課題に取り組むことのできる人材を育成します。
増殖生命科学科
海洋生物資源の効率的かつ低環境負荷型の新世代の増養殖生産技術の開発に必要となる，生命科学に関する基礎知識（具体的には，海洋生物の生理学，生殖学，発生学，育種学，遺伝学，微生物学，防疫学，生物工学など）と，先端技術（蛋白質および遺伝子レベルでの分子生物学的研究手法，遺伝子組換え技術，受精卵操作，ジェノミクス，プロテオミクスなど）を教授するとともに，海洋生物の生命科学や増養殖技術に関する研究を指導することで，幅広い視野を持ち，社会に貢献しうる人材を育成します。
資源機能化学科
海洋の生物資源を総合的かつ有効に活用するための基礎理論と高度な技術を教授する。特に，多様な海洋生物の持つ生命機能と特性を解明・応用して食糧資源・生物化学資源として高度に利用するとともに，安全・安心に利用する観点から，化学，生物学，生化学，食品学，工学にまたがる学際的教育を行い，食品，化学，薬品，生物工学，安全管理等の広範な職業領域において活躍しうる人材を養成します。