学部・研究科等ごとの目的
修士課程は、広い視野に立って精深な学識を授け、専攻分野における研究能力又は高度の専門性を要する職業等に必要な卓越した能力を養うものとする
入学者受入方針（アドミッション・ポリシー）
『求める学生像』
｢世界トップレベルの医学を地域へ ｣の理念のもと、地域の医療に最善を尽くすと同時に、この京都の地で次世代の医学・医療を見据えた研究を通じて、「トップレベルの医学・医療を京都から世界へ」発信することができる豊かな人間性に裏づけられた探究心と向上心並びに創造性に富んだ人材の育成を目指す。このため、博士課程には次のような学生を広く求める。
１ 生命の尊厳を守る高い倫理観を持つ人
２ 医学・医療・生命科学の探求を通じて人類の健康維持・増進に貢献しようとする人
３ 広い視点から物事を多面的・多角的にとらえられる人
４ 不断の自己鍛錬ができる人
５ 国際的視野を持ち、自らの研究成果を国内外に発信しようとする人
『入学者選抜の基本方針』
教育目的・教育目標・教育方針に沿った人材を育成するため、高い倫理観とリサーチマインドを持ち、グローバルな視野で医学・医療・生命科学の進歩と発展に貢献したいとの旺盛な意欲を有する者を選抜（一般選抜試験及び外国人選抜試験を毎年 2 度（前期、後期））する。選抜試験では、公平性かつ客観性を旨として外国語試験、専門試験及び口頭試験（面接）を行い、すべてが合格点に達したものを合格とする。
教育課程編成・実施方針（カリキュラム・ポリシー）
博士課程統合医科学専攻においては、｢世界トップレベルの医学を地域へ｣の理念のもと、高度で先進的な医療を推進する医師又は先端的な医学研究を展開しうる医学研究者を育成するため、総合コースとがんプロフェッショナル養成専門コースを開設している。各カリキュラム策定に当たっては、講義や研究指導、Ｅラーニングを併用して、高邁な倫理観を修得させるとともに、各専門分野における最先端の専門的な知識や技能の教授と研究指導を行うことにより、自立した人間性と研究成果を応用・実践していく能力を身につけさせるものとする。
［総合コース］
専門分野における知識と能力を有する専門的な医師・医学研究者を育成するため、教育課程を専門領域（主科目、副科目）、共通領域及び研究指導に分類し、教育・研究指導を行う。
１．主科目（専門領域）では、学位論文作成の基盤となる知識、技術を修得するための教育を行う。
２．副科目（専門領域）では、主科目での研究を遂行する上で必要となる知識、技術を補完するための教育を行う。
３．共通領域では、全ての学生に共通する基礎的、基盤的な知識を修得するための教育を行う。
４．研究指導（特別研究）では、研究テーマを主体的に設定し、専門領域及び共通領域の授業科目で修得した知識、技術を応用し、研究テーマに即した学位論文作成の研究及び研究者に必要とされる倫理観の修得を目的とした教育を行う。
［がんプロフェッショナル養成専門コース］
がん医療の担い手となる質の高い専門医や集学的治療におけるチーム医療者を育成するため、教育課程を基礎科目、専門科目及び研究指導（特別研究）に分類し、教育・研究指導を行う。
１．基礎科目では、腫瘍に関する基礎的知識・技術を修得するための教育を行う。
２．専門科目では、各臓器、領域での腫瘍の治療、診断等に関する専門的知識・技術を修得するための教育を行う。
３．研究指導（特別研究）では、基礎科目及び専門科目で習得した知識、技術を応用し、学位論文作成のための研究及び研究者に必要とされる倫理観の修得を目的とした教育を行う。
評価にあたっては、専攻分野における研究者として自立した研究活動を行うために必要となる研究能力及びその基礎となる豊かな学識の習得度により、学修成果を評価する。
学位授与方針（ディプロマ・ポリシー）
博士課程では、「総合コース」及び「がんプロフェッショナル養成専門コース」を設け、両コースともに、４年以上在学（優れた研究業績を上げた者は、３年以上在学）し、必要な単位 30 単位以上を修得し、かつ、必要な研究指導を受けた上で博士論文の審査及び最終試験に合格することを学位授与の要件とする。課程修了にあたっては、｢世界トップレベルの医学を地域へ｣の理念のもと、高度で先進的な医療を推進する医師又は先端的な医学研究を展開しうる医学研究者として、以下の見識と能力を有していることを目標とする。
１ 医学・医療・生命科学研究に必要な高邁な倫理観を修得している。
２ 自立した研究者、医療人として、最先端の医学・医療・生命科学研究を自ら推進し、また後進を育成し指導できる知識と技能を身につけている。
３ 医学・医療・生命科学の研究成果を応用し実践して地域社会と世界に貢献することができる。