学部・研究科等ごとの目的
自然界の真理の根本的理解に向けて、知を創造し、発展させ、それを継承することを教育研究の不変の目的として定め、次代を担う学究の徒に理学の理念と方法論を教授し、未知の問題に対する解決の知恵と手段を備えた独創性豊かな国際的人材を養成する。
入学者受入方針（アドミッション・ポリシー）
研究教育上の目的
自然界の真理の根源的理解に向けて、知を創造し、発展させ、それを継承することを教育研究の不変の目的として定める。学究の徒に対して理学の理念と方法論を教授することで、高度な専門力、広範な俯瞰力、卓越した創造性と国際性、未知の問題を発掘し解決する能力を兼ね備えた、次代を牽引する人材を養成する。
求める学生像
・専門分野における修士相当の基礎学力と研究能力をもち、自然現象に通底する普遍性をとらえる理学的な思考法、未知の現象の核心に迫る方法論、論理的で明晰な分析力などを習得することに意欲的な人。
・旺盛な知的好奇心に従って主体的に新しい課題を創出し、独創的な発想と卓越した実行力によってこれを解決し、未踏の分野
を切り拓いていける人。
・大学院で獲得した卓越した専門的知識と研究能力を礎として、将来的に社会の第一線で国際的なリーダーとしての活躍できる人。
入学選抜の基本方針
・専門分野における修士相当の基礎学力、高度な研究能力、論理的な思考力・解析力を有すること。
・新しい課題を自ら創出し、これを主体的に解決する資質を有すること。
・研究成果を国内外に向けて発信するための基本的な語学力とコミュニケーション能力を有すること。
・入学者の選抜は、修士の学位論文又はこれに代わるものの審査、筆記試験（各専攻が指定する）、口述試験及び出身高校の学業成績により行う。
教育課程編成・実施方針（カリキュラム・ポリシー）
東京大学大学院理学系研究科は上記学位授与方針を達成する学生を輩出するために、以下の方針に基づいて世界最高水準の教育・研究を追求し、高度で専門的な教育課程を体系的に編成・実施する。
・理学における世界最高水準の教育・研究を実施できる人材を育成する。
・講義のみでなく、世界の第一線の研究現場で直接、研究の方法論を学ばせることで自ら創造的な研究を実施し、その成果を発表する高度な研究能力を身につけさせる。
・セミナーや学会・研究会などに参加する機会を通じて、研究成果を適切に発信し、研究遂行のために必要な情報を収集する能力を身につけさせる。
・英語での講義を強化し、学修環境の国際化を推進する。
・海外派遣プログラムを実施するとともに、海外の学会・研究集会での研究発表や海外の研究者との研究交流を積極的に推奨し、国際的に活躍できる人材を育成する。
・インターンシッププログラムを実施することで産業界の要請及び諸研究機関などからの需要に応じた、創意ある研究者を育成する。
・研究倫理の講義を通じて高い倫理観をもち、教育・研究に携われる人材を育成する。
・学位論文の他、学術誌や国内外での学会における発表状況などに基づき、学修達成度を適切に反映する基準を定め、成績評価を行う。
学位授与方針（ディプロマ・ポリシー）
東京大学大学院理学系研究科では物理学、天文学、地球惑星科学、化学、生物科学の５専攻を置き、東京大学理学系研究科憲章の定めに従って世界最高水準の教育を実施し、、次に掲げる学修目標に到達し、所定の単位を修得し、学位論文審査及び試験に合格した学生に理学の学位を授与する。
・自然界の真理の本質的な理解に向けて、新しい知を創造し、発展・継承することができる。
・未知の問題を自ら発掘し、その解決のために独創的な研究を着想・遂行する能力をもつ。
・学際的・国際的な視野と高度なコミュニケーション能力に基づいて、世界最高水準の研究成果を国内外に向けて発信し、理学の発展・深化を先導できる。
・国内外の大学・民間企業研究所・官公庁など社会の諸方面で高い倫理観と責任をもち、指導的・先導的な役割を担うことができる。