大学ポートレートは我が国の大学団体、認証評価機関等による自主・自律的な取組として実施されています。国公私立共通のプラットフォームの提供及び国公立大学の情報の取扱いについては、独立行政法人大学改革支援・学位授与機構が、私立大学の情報の取扱いについては、日本私立学校振興・共済事業団が担い、大学ポートレートの運営について互いに適切な連携・協力を行うこととしています。
また、大学ポートレートによる情報の公表・活用に係る運営方針など運営に関する重要事項について審議するものとして、次の者により構成される「大学ポートレート運営会議」が独立行政法人大学改革支援・学位授与機構に置かれています。
国立大学協会、公立大学協会、全国公立短期大学協会、日本私立大学団体連合会(及び日本私立大学連盟、日本私立大学協会)、日本私立短期大学協会
大学改革支援・学位授与機構、大学基準協会、日本高等教育評価機構、大学・短期大学基準協会、大学教育質保証・評価センター