学部・研究科等ごとの目的
工学・化学・水産学・環境科学・情報データ科学の技術と英知を結集し、再生可能エネルギー開発、水環境技術推進、国土強靭化・減災と環境との共生、水産資源の活用等、地域振興に根ざした技術革新と持続可能な社会構築に貢献し、炭素循環社会の実現に向けて、最先端技術を創出するとともに、グローバルな危機的課題を解決できる研究者、高度専門職業人を養成する。
入学者受入方針（アドミッション・ポリシー）
入学者に以下の学力・能力、資質・素養を求める。
(1) 工学，水産学，環境科学又は情報データ科学のいずれかにおいて高い基礎学力がある。
(2) 脱炭素社会の実現に向け，自然と共生する持続社会の発展に貢献する意思がある。
(3) エネルギー・資源・新素材開発等の最先端技術を創出する意思がある。
(4) 地球温暖化・食糧・資源枯渇化等の地球と人間が相互に関連する諸問題を解決する意思がある。
(5) 国際的な立場で活躍し，課題発見・探求能力，研究計画・マネージメント能力を修得する強い意思がある。
教育課程編成・実施方針（カリキュラム・ポリシー）
長崎大学のカリキュラム・ポリシーに沿って，学生が体系的かつ主体的に学修できるように教育課程を編成し，これに従って教育を行う。５年一貫のカリキュラムによる継続的・計画的な指導を行い，修了後には国際的アカデミアで活躍できる研究者として必要な実力を，以下のように涵養する。
(1) 研究者養成科目と国際実践科目で，国際的アカデミアで活躍できる研究者としての創造的・先導的な実践研究能力として，世界レベルの研究倫理，グローバルな視点での課題発見・探求能力，研究・マネージメント能力を修得します。更には，英語コミュニケーション能力，英語論文作成力，英語プレゼンテーション能力，国際的研究者としての実践力を修得します。そのため，特別演習では，国内外の研究を俯瞰した総説の執筆と発表，学外研究・実習では，国際的研究機関（海外大学等）での研究を義務づけます。
(2) 高度基礎科目，先端技術科目で，俯瞰的視野に立って，広範な分野にわたるグリーンシステム科学に関する知識を修得するための高い基礎的学力を涵養します。
(3) 博士前期課程相当２年間での総合演習，特別研究，共修科目群，インターンシップでは，学術の社会との関連を意識し，総合生産科学の広い分野への視座を養いつつ，自律した研究者として自ら育つための基礎的実力を，研究活動と並行して修得します。
(4) 「特別講義」では， 国内外の著名又は新進の研究者を招いた研究セミナーや企業からの講師を含む複数の教員による産学連携の講義を行い，学際的な知識を修得します。
学位授与方針（ディプロマ・ポリシー）
５年以上在学して所定の教育プログラムに定められた単位（45単位以上）を修得し，以下の能力を身につけ，提出した博士論文が，学位審査基準を満たし，最終試験に合格した者に対し、博士（工学）、博士（水産学）、博士（環境科学）又は博士（情報データ科学）の学位を授与する。
(1) グリーンシステム科学が関わる高度な専門的・学際的知識を修得し，専門知識は国内外の研究を俯瞰した総説を執筆できるレベルにある。
(2) 国際的視野に基づいた創造的・先導的な研究を主体的に推進できる能力を身につけている。
(3) 国際性ある研究者としてスタートアップできるレベルの研究倫理，英語コミュニケーション能力，国際学会で口頭講演できるプレゼンテーション能力，英語論文作成力を身につけている。